No resultado de um alinhamento entre sequências, o score é a pontuação que uma determinada seqüência recebe dependendo do grau de correspondência encontrada no banco de dados. São pesos (valores) das operações realizadas no alinhamento múltiplo. As operações mais comuns são: inserção de espaço (gap´s), inserção de um novo elemento (nucleotídeos ou aminoácidos), substituição do elemento (de A para T, ou de G para C).