Although a complete DBN model is still not possible due to the absence of sufficient and simultaneous recordings, the transfer entropy delays between stimulus and responses on the motor neuros are obtained and integrated by a Bayesian analysis, given also a pre-processing based on Singular Spectrum Analysis (SSA) which, by removing the nonstationarity characteristics of the signal (which are due to extrinsic factors on the system), considerably increased the number of available samples for learning.
Embora um modelo completo de DBN ainda não seja possível devido à ausência de gravações simultâneas suficientes, os atrasos de transferência de entropia entre o estímulo e a resposta nos neurônios motores são obtidos e integrados a partir de uma análise bayesiana. dado também um pré-processamento com análise de espectro singular (SSA) que, ao remover a não-estacionariedade do sinal (que se deve a fatores extrínsecos ao sistema), aumentou consideravelmente a quantidade de amostras disponíveis.
For a Bayesian analysis we assumed different prior distributions for the parameters of the model.
Para a análise bayesiana adotamos diferentes distribuições a priori para os parâmetros.
Variance components were estimated fitting threshold and linear animal models for ABI3 and TS, respectively, by Bayesian analysis using the Gibbs sampler.
Os componentes de variância foram estimados em modelo animal de limiar para a característica HAB3 e linear para PTO, mediante análise bayesiana. utilizando-se o Amostrador de Gibbs.
This work aims to apply a Bayesian analysis for parameters and state variables estimation of Thomas and Yoon-Nelson mathematical models.
Este trabalho tem por objetivo aplicar uma análise bayesiana para a estimativa de parâmetros e variáveis de estado dos modelos matemáticos de Thomas e Yoon-Nelson.
The aim of this research is to perform a Bayesian characterization of the Hardy-Weinberg disequilibrium through the Bayes factor.
Este trabalho tem como objetivo realizar uma análise bayesiana de modelos, por meio do fator de Bayes, para o desequilíbrio de Hardy-Weinberg.
On Bayesian analysis, three a priori information levels were considered: no-informative, slightly informative and informative.
Na análise bayesiana. três níveis de informação a priori foram considerados: não- informativo, pouco informativo e informativo.
A Bayesian analysis using mtDNA sequences belonging to (CytB and COI) reaffirmed the positioning of the species and indicates subcomplex rubrovaria and indicates T. carcavalloi as sister species from the group of T. klugi + T. rubrovaria + T. circummaculata.
A análise bayesiana por meio de sequencias pertecentes ao mtDNA (CytB e COI) reafirmam o posicionamento de espécies no subcomplexo rubrovaria e indica T. carcavalloi como espécie irmã do grupo formado por T. klugi + T. rubrovaria + T. circummaculata.
The resulting topology of the Bayesian analysis showed satisfactory resolution, with well supported clades (highlighting the divergence between the two greatest lineages in the base of the tree), allowing the reconstruction of the evolution of nine characters previously used for the infrageneric classification of Mikania.
A topologia resultante da análise bayesiana apresentou boa resolução, com clados bem sustentados (destacando-se a divergência em duas grandes linhagens na base da árvore), permitindo a reconstrução da evolução de nove caracteres que foram utilizados anteriormente para a classificação infragenérica de Mikania.
In addition, RST indeces and Bayesian analysis of microsatellite data showed moderate genetic structure among individuals of four regions in Brazil (north Pantanal, south Pantanal, north and northeast), but FST indeces indicate differentiation only between three regions (north and northeast without differentiation).
Além disso, os índices RST e a análise bayesiana dos dados de microssatélites indicaram moderada estruturação genética entre indivíduos de quatro regiões geográficas (Pantanal norte, Pantanal sul, norte e nordeste), mas os índices de FST indicaram diferenciação somente entre três regiões (norte e nordeste sem diferenciação).
Phylogenetically, through both Bayesiana and maximum parsimony analyses, we found support to nominate a new group of anastomosis associated with the rubber tree foliar spot: the AG 2,2 Hb.
Filogenéticamente, através de análise bayesiana e de máxima parcimônia, encontramos suporte para nomear um novo grupo de anastomose associado à mancha areolada da seringueira: o AG 2,2 Hb.
We discuss the advantages of Bayesian analysis when dealing with combined variables, non-statistically significant results and the number of replicates using the Acará Bandeira (Pterophyllum scalare), as a case study.
Discutimos as vantagens da análise bayesiana ao lidar com variáveis agrupadas, resultados não estatisticamente significativos e número de réplicas utilizando o Acará Bandeira (Pterophyllum scalare), como estudo de caso.
We considered a Bayesian analysis of first order autoregressive, AR(1), panel data model, using exact likelihood function, comparative analysis of prior distributions and predictive distributions of future observations.
Considerou-se uma análise bayesiana do modelo auto- regressivo de primeira ordem, AR(1), para dados em painel, de forma a utilizar a função de verossimilhança exata, a análise de comparação de distribuições a priori e a obtenção de distribuições preditivas de dados futuros.
The Bayesian analysis (Structure program) and demonstrated the existence of a similar structure to the populations of G. birdiae and G. caudata.
A análise bayesiana (programa Structure) demonstrou e existência de uma estruturação semelhante para as populações de G. birdiae e G. caudata.
...nship among the species of genus Myotis is still imprecise, even after the inclusion of those taxa diagnosed as valid in this thesis. Through Maximum Likelihood (ML), Neighbor-Join (NJ) and Bayesian analysis methods, two clades were defined, one formed by species with absent or shallow sagittal crest (clade A), and another (clade B) with the presence of sagittal crest. I correlate the polytomy found within clade A ...
...entre as espécies de Myotis após inclusão dos táxons validados neste módulo, ainda permanecem imprecisas. Através dos métodos de Máxima Parcimônia (MP), de distância de Neighbor-Join (NJ) e análise bayesiana (B), houve o resgate de dois grandes clados compostos por espécies com crista sagital ausente ou discreta (clado A), e crista sagital presente (clado B). Atribuí a politomia encontrada dentro do clado A à rápida diversificação do grupo na região, com possíveis eventos simultâneos de especi...
...maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference as optimization criterion. The results have showed Almeidea as a monophyletic group supported by molecular data and by a morphological sinapomorphy (pantocolporate pollen). Almeidea lilacina, A.limae and A. rubra appear as closely related in most analysis, while A. coerulea appears as the most basal group in the clade Almeidea. Conchocarpus,...
...e do gênero Conchocarpus no grupo interno. Foram realizadas análises filogenéticas individuais de cada partição e combinadas, sob os critérios de máxima parcimônia, máxima verossimilhança e análise bayesiana. Os resultados obtidos demonstraram que o gênero Almeidea é monofilético, sustentado por dados moleculares e por uma sinapomorfia morfológica (pólen pantocolporado). As espécies A. lilacina, A.limae e A. rubra aparecem como mais próximas na maioria das análises, enquanto que A...
...1) genes. The phylogenies were reconstructed based on maximum likelihood analysis and Bayesian inference. Relaxed molecular clock estimates were conducted under a Bayesian analysis for inferring the divergence times of the phylogeny and to study the biogeographic history of these species. The phylogenies recovered by both methods were highly congruent and support the absence of monophyly for genus Aratinga. The maj...
...tantes de outros gêneros da tribo Arini. Foram sequenciados cinco genes mitocondriais (12S, 16S, citocromo b, NADH2, COIII) e um nuclear (RAG-1). As filogenias obtidas por máxima verossimilhança e análise bayesiana foram congruentes e indicam a ausência de monofilia do gênero Aratinga. A maioria das espécies do gênero foi posicionada em três clados com alto suporte, mas que não se apresentam agrupados em um clado monofilético. Estes três clados são congruentes com grupos previamente propostos com bas...
...o observed in Botlleneck software, confirming the occurrence of bottleneck on the three populations. In spite of this, the Fst values did not show genetic structure among them as part of it, and was confirmed by Bayesian analysis of clusters without K=3. However, if is not the cluster analysis with K=2, it is possible to observe the organization of individuals in two groups, corresponding to the basins of the Paran...
...e Botlleneck, confirmando a ocorrência de gargalo nas três populações analisadas. Apesar disso, os valores de Fst não evidenciaram estrutura genética entre as mesmas, e isso foi confirmado pela análise bayesiana de clusters no software Structure com K=3. Entretanto, na mesma análise de agrupamento com K=2, é possível observar leve organização dos indivíduos em dois grupos, correspondentes às bacias dos rios Paraná e São Francisco. Nos dendrogramas gerados pelas sequencias do gene mitocondrial da c...
...To develop new bean commercial cultivars, a series of experiments called Value for Cultivation and Use (VCU) assays are necessary. Bayesian analysis using information on prior VCU trials is an alternative to obtain greater precision during genotype selection. The objective of the present work was to select, under a Bayesian perspective, genotypes of the carioca bean from the state of Paraná that combine high adapt...
...Para lançamento de novas cultivares comercias de feijão é necessário a realização de uma série de experimentos denominados de ensaios de cultivo e uso (VCU). Sendo assim, a análise bayesiana utilizando informações a priori de ensaios de VCU anteriores pode ser considerada uma alternativa visando obtenção de uma maior acurácia na seleção de genótipos. Sendo assim, o presente trabalho teve como objetivos selecionar, sob perspectiva bayesiana, genótipos de feijão do tipo carioca que reúnam alta ad...
... of São Paulo, and from these populations, a population expansion towards the south through the inland was initiated, colonizing the states of Paraná and Rio Grande do Sul. The Bayesian analysis (MCCT) indicated that the time of the most recent common ancestor (TMRCA) for all haplotypes of D. meridionalis is from 81,700 years ago, a date that marks the separation of inland and coastal populations approxima...
...vavelmente colonizaram o interior de São Paulo, e a partir destas populações, se iniciara uma expansão populacional em direção ao sul pelo interior, colonizando o Paraná e Rio Grande do Sul. A análise bayesiana (MCCT) indicou que o tempo do ancestral comum mais recente (TMRCA) para todos os haplótipos de D. meridionalis é de 81,700 anos atrás, data que marca a separação das populações do interior e do litoral aproximadamente no final do Pleistoceno. Eventos similares têm sido sugeridos para...
...ds the distribution of this species northward. We also extracted DNA from livers and amplifications were made for gene Adh1-I2. After sequencing, alignments were done with ClustalW software. Phylogeny was inferred using Maximum Parsimony and Maximum Likelihood methods using PAUP software. Bayesian analysis was also made, using MrBayes software. One haplotype network was done with DnaSP and Network. All trees and ne...
... nuclear Adh1-I2. Após sequenciamento, alinhamentos foram realizados com o ClustalW. A filogenia foi inferida usando os métodos Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança usando o PAUP e análise bayesiana. com o MrBayes. Uma rede de haplótipo foi realizada com os programas DnaSP e Network. O gene nuclear mostrou dois grupos bem estruturados: o primeiro formado por K acrobata sem resolução interna, e o segundo que incluiu as populações de K rupestris e três sequências do chamado híbrido . Os ...
...ionships was evaluated by the use of phytochemical data and DNA sequences. Within ((Bocagea, Hornschuchia) (Trigynaea)), the (Bocagea, Hornschuchia, Trigynaea) was detected in the Bayesian analysis of RPB2 and supported by presence of apigenin (except in Bocagea) and synthesis of quercetin via dihydrokaempferol. In the clade (((Cardiopetalum, Cymbopetalum) (Porcelia)) (Froesiodendron)), the relationship (Cardiopeta...
...de dessas relações foi verificada com o uso de dados fitoquímicos e sequências de DNA. Em ((Bocagea, Hornschuchia) (Trigynaea)), o clado (Bocagea, Hornschuchia, Trigynaea) foi detectado na análise bayesiana do RPB2 e apoiado pela presença de apigenia (exceto em Bocagea) e síntese de quercetina via dihidrocampferol. No clado (((Cardiopetalum, Cymbopetalum) (Porcelia)) (Froesiodendron)) a relação (Cardiopetalum, Cymbopetalum, Porcelia) foi detectado nas análises de Máxima Parcimônia das regiões ...
...8 ones with high quality were filtered. Genetic distance and Shannon entropy values were not related to therapy outcome. These sequences were analyzed using median-joining networks and Bayesian population structural analysis. These analysis identified samples with different structures, from high conserved (one sub-population) to high stratified ones (6 sub-populations). Networks analysis also confirmed this result....
.... Valores de distância genética e entropia de Shannon não foram correlacionados a resposta ao tratamento. Estas sequências foram posteriormente submetidas a construção de redes median-joining e análise bayesiana de estrutura populacional (BAPS). A análise identificou amostras com diferentes estruturas, desde altamente conservadas (apenas uma população de quasispecies) até altamente estratificadas (6 subpopulações). Este resultado foi condizente com a estrutura das redes median-joining. Várias mutaç...
... populacional structure and a dendogram was calculated by the distances matrix based on chord distances values. The results showed no population structuring and intense gene flow. The most probable causes are the hight migratory capacityof this fish and the climatic and geographic characteristics of the Pantanal Matogrossense....
...esperada, equilíbrio de Hardy Weinberg, índices Fst e Rst, análise de variância molecular (AMOVA), índice de fixação, desequilíbrio de ligacão e o número de migrantes. Também foi feita uma análise bayesiana para verificar a estrutura populacional e um dendrograma foi gerado a partir da matriz de distância baseada......
...of-scope. The risk-based management process also includes two phases of risk monitoring: during production and on operation phase. Decisions can be reviewed by the use of Bayesian analysis. A case is proposed to illustrate the model in a major overhaul program of Armored Fighting Vehicles performed in a Brazilian Army depot. The model aims to contribute to a better decision making to support engineering role in an ...
...alhos. O processo da gestão baseada em risco também inclui duas fases de monitoramento de risco continuado: durante a produção e na fase de operação. As decisões podem ser revistas pelo uso da análise bayesiana. Um estudo de caso é proposto para ilustrar o modelo num programa de recuperação e modernização de veículos blindados realizada numa unidade do Exército Brasileiro. A aplicação da metodologia permitiu a seleção de uma alternativa de modernização, considerando riscos e benefícios. O de...
... As an outcome, the meanings of character evolution and groups are reviewed and improved under a probabilistic view. Chapter 2 presents an introduction to the very basic methods of tree construction and optimization using maximum likelihood and bayesian methods. Part II Phylogenetics of Pilocarpinae - presents a phylogeny of Pilocarpinae based on molecular data (internal trancribed spacers ITS1, ITS2, gene 5,8 S - ...
...or conseqüência grupos, podem ser adequadamente tratados sob ótica probabilística. O Capítulo 2 apresenta os métodos de construção e otimização de árvores uzando máxima verossimilhnaça e análise bayesiana. Parte II Filogenia de Pilocarpinae - apresenta a filogenia de Pilocarpinae baseada em dados moleculares (espaçadores ITS1, ITS2 e gene 5,8 S do DNA nuclear e espaçador trnG-S do DNA platidial) e a filogenia de Pilocarpus Vahl baseada em dados moleculares (mesmas regiões usadas anteriormente) e ...
...y oviposition traps at Botucatu city. The technique of TaqMan allelic discrimination was used for genetic analysis, in which SNPs from nine genes distributed on three chromosomes of the mosquito were genotyped. Bayesian analysis did not show variance on population structure over the five year period. The percentage of variation among samples in statistical analysis was low (Fst = 0,0028, p = 0,7634), furthermore th...
...ção na cidade de Botucatu. A análise genética foi viabilizada pela técnica TaqMan de discriminação alélica, utilizando SNPs de nove genes distribuídos nos três cromossomos do mosquito. Pela análise bayesiana. não houve variação na estruturação populacional das coletas, e a análise estatística apresentou percentagem de variação entre as coletas foi baixa (FST = 0,0028; p=0,763), além disso as freqüências alélicas foram constantes. Os resultados mostram que, apesar da grande variação na de...
...,03)is considerate low and high variability between and within families with the Shannon’s information index (H’=0,71). A cluster analysiswith all accessions revealed 11 groups. Bayesian analysis ranking the accessions into four genetic groups. Analysis of molecular variance revealed that the greatest variation (92,4%)occurs within families. Finally, the value of Φ ST (0,07) indicated anexpressive differentiat...
... e a variabilidade entre e dentro das famílias, com base no índice de Shannon-Wiener (H’), foi considerada alta (H’=0,71). O agrupamento de todos os acessos revelou a formação de 11 grupos. A análise bayesiana classificou as famílias em quatro grupos gênicos. A análise de variância molecular revelou que a maior parte da variabilidade (92,4%) está contida dentro das famílias. Por fim, o valor de Φ ST (0,07) indicou expressiva diferenciação entre as famílias. Em razão destes resultadosrecomenda-...
...ced by the degree of dominance but it was affected by heritability, sample size, marker density, and QTL effect. The Bayesian analysis showed greater power of QTL detection, mapping precision, and number of false- positives compared to the least squares and maximum likelihood approaches. The most important factor affecting the QTL mapping efficiency is the QTL effect....
...to à eficiência. O mapeamento de QTL não é influenciado pelo grau de dominância, mas é afetado pela herdabilidade, pelo tamanho amostral, pela densidade de marcas e pelo efeito de QTL. A análise bayesiana apresentou maior poder de detecção de QTLs, maior precisão de mapeamento, e maior número de falso-positivos em comparação às análises de máxima verossimilhança e de regressão. O fator que mais afeta o mapeamento de QTLs é o efeito do QTL....
...The objective of this work was to accomplish a Bayesian analysis of an autoregressive, AR(p), panel data model from Nelore sires’ expected progenie difference (EPD) observed during 20,0–20,6. The AR(2) model was used due to the results of partial autocorrelation function analysis. The prior comparisons were performed through Bayes Factor and Pseudo-Bayes Factor, and the results showed the independent t-Student ...
...O objetivo deste trabalho foi realizar uma análise bayesiana de modelos auto-regressivos de ordem p, AR(p), para dados em painel referentes às diferenças esperadas nas progênies (DEP) de touros da raça Nelore publicados de 20,0 a 20,6. neste módulo, adotou-se o modelo AR(2), indicado pela análise prévia da função de autocorrelação parcial. As comparações entre as prioris, realizadas por meio do Fator de Bayes e do Pseudo-Fator de Bayes, indicaram superioridade da priori independente t-Student multiv...
...a Parsimonious, Bayesian analysis and Genetic Distance (Neighbor-joining) in a matrix of 46,6 characters with partial sequences of the genes COI, CytB, 16S rRNA, 12S rRNA and F-4 Reticulon. In this matrix 11,5 characters was parsimonious informative. We used as outgroups samples of the species Hemipsilichthys gobio and Hemipsilichthys papilatus (subfamily Delturinae), Hypostomus nigromaculatus (subfamily Hypostomin...
...s. Baseado nestes questionamentos foi realizado uma análise filogenética incluindo representantes de todos os gêneros da subfamília Neoplecostominae. Tal análise, baseada em Máxima Parcimônia, análise bayesiana e Análise de Distancia Genética (Neighbor-joining) foi executada em uma matriz de 46,6 caracteres com sequências parciais dos genes COI, CytB, 16S rRNA, 12S rRNA e F-4 Reticulon. Nesta matriz 11,5 caracteres apresentaram-se informativos nas análises de parcimônia. Como grupos externos foram ut...
...nomic regions (LSU, ITS, tef1 and actA) were used to performed a Bayesian analysis with combined ITS, actA and tef1 sequence alignment. Our results based on DNA phylogeny integrated with morphology, revealed a rich diversity with eighteen new species to be described, namely: Pseudocercospora aeschynomenicola, Ps. diplusodonii, Ps. emmotunicola, Ps. manihotii, Ps. perae, Ps. planaltinensis, Ps. pothomorphes, Ps. sen...
...m coletados, isolados em cultura pura, sequenciados e submetidos a análises filogenéticas multigênicas. Quatro regiões genômicas (LSU, ITS, tef1 e actA) foram utilizadas para realização de uma análise bayesiana com o alinhamento das regiões combinadas ITS, actA e tef1. Os resultados obtidos associando filogenia, morfologia e características da cultura revelaram uma rica diversidade incluindo dezoito novas espécies a serem propostas, a saber: Pseudocercospora aeschynomenicola, Ps. diplusodonii, Ps. emmo...
...Itaocara RJ (A1RJ and A2RJ) and three in Frutal MG (A1MG, A2MG, and A3MG). The logistic, Gompertz, and monomolecular models were fitted to monthly data of incidence, severity, and plant death through Bayesian analysis. The best goodness of fit was with the Gompertz model. The marginal posterior distribution of the A2RJ epidemic had higher values of incidence rate, whereas the distributions of the A1RJ, A1MG, A2MG, ...
...(A1RJ e A2RJ) e três em Frutal-MG (A1MG, A2MG, e A3MG). Os modelos logístico, Gompertz, e monomolecular foram ajustados aos dados mensais de incidência, severidade, e de plantas mortas por meio da análise bayesiana. Obteve-se melhor ajuste das curvas de todas as epidemias com o modelo de Gompertz. A distribuição marginal a posteriori da epidemia A2RJ teve maiores valores de taxa de incidência, enquanto que as distribuições das epidemias A1RJ, A1MG, A2MG, e A3MG não diferiram. Os menores valores de taxa ...
...t-day milk yield (PLDC) of Alpine dairy goats, implemented by Bayesian methods with Gibbs Sampling. The estimates were compared with those obtained by random regression analysis, using REML. Heritability estimates obtained by Bayesian analysis ranged from 0,18 to 0,37, while those obtained by REML ranged from 0,09 to 0,32. Genetic correlations between yields of close test days approached the unit, but decrea...
...a Alpina, por meio da metodologia Bayesiana. As estimativas geradas foram comparadas às obtidas com análise de regressão aleatória, utilizando-se o REML. As herdabilidades encontradas pela análise bayesiana variaram de 0,18 a 0,37, enquanto, pelo REML, variaram de 0,09 a 0,32. As correlações genéticas entre dias de controle próximos se aproximaram da unidade, decrescendo gradualmente conforme a distância entre os dias de controle aumentou. Os resultados obtidos indicam que: a estrutura de covari...
...hat relatedness has some importance in the social structure of white-lipped peccaries. The FST between the locations was 0,017 and significantly different from zero and the DEST was 0,015. The Bayesian analysis, assuming the model of population mixture and correlated allele frequencies, showed that the most likely K was 1. When the collection site was included in the analysis, the most likely value of K was 2 and t...
... o parentesco possui influência na formação dos grupos sociais. O valor de FST encontrado entre as localidades foi de 0,017 e significativamente diferente de zero e o valor de DEST foi de 0,015. A análise bayesiana. assumindo o modelo de mistura entre as populações e frequências alélicas correlacionadas, apontou o valor de K=1 como sendo o mais provável. Quando a localidade de coleta foi informada, o valor de K mais provável foi de 2 e os agrupamentos corresponderam exatamente às localidades amostradas...
...ta and from the AFLP nuclear data presented some incongruence when compared, since using AFLP all the A. platensis populations and also the other species were separated through Bayesian analysis and UPGMA, but the same was not found for COI data. The incongruence between mitochondrial and nuclear data reinforces the idea that some A. grisella sequences are in fact nuclear pseudogenes co-amplified in P...
...do marcador nuclear AFLP apresentaram algumas incongruências, quando comparados, visto que usando AFLP todas as populações de A. platensis e das demais espécies foram separadas por meio de análise bayesiana e UPGMA, o mesmo não ocorrendo para o COI. A incongruência entre os dados nucleares e mitocondriais reforça a ideia de que algumas sequências de A. grisella são na verdade pseudo-genes nucleares coamplificados com o gene COI, devido à utilização de primers universais degenerad...
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